Laporan-laporan pertama dari rawatan terhadap Arafat oleh doktor-doktornya untuk apa jurucakapnya telah berkata sebagai 'flu' datang pada 25 Oktober, 2004 selepas beliau telah muntah semasa satu mesyuarat. Keadaannya semakin merosot dalam hari-hari berikutnya dan beliau tidak sedarkan diri selama 10 minit pada 27 Oktober. Berikutan lawatan daripada doktor-doktor lain, termasuklah sepasukan dari Tunisia, Jordan, dan Mesir, dan perjanjian oleh Israel tidak menghalangnya untuk kembali, Arafat telah dibawa pada 29 Oktober oleh satu jet kerajaan Perancis ke hospital ketenteraan Percy di Clamart, berdekatan Paris. Mengikut salah satu daripada doktornya, Arafat telah menderita daripada penyakit Idiopathic thrombocytopenic purpura (ITP), satu penyakit berkaitan immunologi dalam bilangan edaran platelet adalah luar biasa rendahnya[perlu rujukan]. Pada November 3 beliau jatuh dalam keadaan koma yang semakin mendalam. Dalam hari-hari penting, keadaan kesihatan sudah menjadi tajuk spekulasi, dengan anggapan bahawa beliu menderita daripada keracunan atau AIDS . Pelbagai sumber membuat spekulasi bahawa Arafat telah berada dalam koma, dalam keadaan "vegetative state", atau mati. Pihak berkuasa Palestin dan doktor berkelahiran Jordan menyangkal dakwaan laporan bahawa Arafat telah mati otak dan bergantung kepada mesin sokongan.